W latach 1941–1945 obiekt został częściowo przeznaczony na cele wojskowe. Działał tu podziemny szpital wojskowy. Został wybudowany istniejący do dzisiaj schron. Jeszcze przed zakończeniem wojny, mandat pełnomocnika Departamentu Szkół Wyższych Ministerstwa Oświaty Rządu Lubelskiego do reaktywowania Wydziału Lekarskiego w Poznaniu otrzymał prof. Stefan Różycki. Wraz z nim z Lublina do Poznania przybył 8 lutego 1945 r. dr Kazimierz Neyman. 

W lutym 1945 r., jeszcze w czasie trwania walk o Cytadelę Poznańską, lekarze polscy, a wśród nich dr W. Michałkiewicz, dr H. Bręborowicz, dr B. Kentzer oraz dr K. Ryglewicz, przystąpili do organizowania na terenie Kliniki pomocy położniczej dla ludności Poznania. W 1945 r. w marcu kierownictwo Kliniki objął ponownie prof. dr Bolesław Kowalski, który pełnił tę funkcję do śmierci, tj. do 5 grudnia 1945 r. Jadwiga Klucz objęłą ponownie stanowisko przełożonej i pełniła je do 1950 r

Częściowo wypalony i zdewastowany w czasie działań wojennych Szpital zostaje wyremontowany i oddany do użytku w 1949 r. W czasie remontu ani na chwilę nie przerwano działalności leczniczej i dydaktycznej. Organizacja Kliniki wyglądała podobnie jak przed wojną, był to szpital wojewódzki a tylko kilka etatów lekarskich należało do Uniwersytetu. W 1946 r. kierownikiem Kliniki został prof. dr Tadeusz Zwoliński, który pełnił tę funkcję do czasu przeniesienia w 1951 r. 

Klinika miała wtedy 220 łóżek położniczych i ginekologicznych oraz 80 noworodkowych, 2 sale porodowe, 2 sale operacyjne, pracownię rentgenowską, oddział rentgenoterapii, poliklinikę oraz ogólne laboratorium analityczno-hematologiczno-histopatologiczne. W tym okresie rozpoczęto budowę nowego budynku przeznaczonego na salę wykładową. W skład personelu wchodzili wtedy: 1 docent (K. Ryglewicz, habilitowany w 1950 r.), 17 asystentów oraz 75 osób personelu średniego. 

W 1948 r. w Szpitalu powstaje pierwszy w Polsce po II wojnie światowej podręcznik położnictwa.

1 stycznia 1950 r. z Uniwersytetu Poznańskiego wyodrębniono Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologicznym, Wydział Farmaceutyczny i Studium Wychowania Fizycznego, tworząc samodzielną wyższą uczelnię – Akademię Medyczną. Szpital przy ul. Polnej 33 przemianowano na  Państwowy Szpital Kliniczny nr 3 (PSK3). Na jego bazie uruchomiono Katedrę i I Klinikę Położnictwa i Chorób Kobiecych Akademii Medycznej.