W 1981 r. została opracowana docelowa koncepcja przebudowy, rozbudowy i modernizacji Szpitala, w tym m.in. budowy budynku diagnostyczno-zabiegowego, usytuowanego wewnątrz podwórza szpitalnego. Nowy budynek miał przejąć najważniejsze funkcje Szpitala, ale wymagał wcześniejszego rozwiązania problemów technicznych. Zasada polegała na zlokalizowaniu w nowej części programu wymagającego znacznego uzbrojenia technicznego i technologicznego, tak by w istniejącym budynku pozostały jedynie oddziały łóżkowe. Dziś można powiedzieć, że zasada ta sprawdziła się. 

W 1983 r., po wykupieniu nowej powierzchni w budynku przy ul. Jackowskiego, został zorganizowany oddział i sala operacyjna andrologii. Do piwnic tego budynku przeniesiono archiwum Instytutu. W tych nie zmieniających się praktycznie warunkach lokalowych rosły zadania Kliniki, a później Instytutu.

W 1984 r. rozpoczęto prace na budowie od rozbiórek i przygotowania terenu. Jako pierwszy zrealizowano budynek techniczno-gospodarczy z zespołem stacji transformatorowych i węzłem cieplnym. Następnym krokiem było całkowite podpiwniczenie podwórza gospodarczego, co umożliwiło rozprowadzenie wszystkich sieci i instalacji przy zapewnieniu do nich dostępu podczas eksploatacji.  

Budynek miał odegrać pierwszoplanową rolę w modernizacji całego zespołu, gdyż grupuje program o charakterze podstawowym dla działalności Szpitala i Instytutu, czyli izbę przyjęć z pomocą doraźną, zespół porodowy, blok operacyjny, centralne laboratoria z histopatologią, centralną sterylizację, centralną stację łóżek. Realizację rozpoczęto w 1987 r. Budowę koordynował prof. Tomasz Opala od 1984 r. jako pełnomocnik dyrektora Instytutu ds. Rozbudowy Szpitala, a od lutego 1986 r. jako Dyrektor Szpitala.

W 1987 r. Instytut zorganizowany jest w 7 klinikach i 2 zakładach. W ramach Instytutu działa również 18 pracowni. Kadrę Instytutu i Szpitala stanowią 622 osoby (w tym 83 lekarzy).

Konferencje naukowe w latach '80 koncentrowały się na takich zagadnieniach jak: Problemy cukrzycy w położnictwie i neonatologii (1980), Ultrasonografia w położnictwie i ginekologii (1983), Zespołowej analizy przyczyn zgonów płodów i noworodków (1986) czy Uzdrowiskowe leczenie narządów płciowych kobiety (1988)